ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ

 

 

ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΕΔΑΦΟΥΔΑΤΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ ΚΑΙ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ

ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΒΕΛΤΙΩΣΗΣ ΚΑΙ ΦΥΤΟΓΕΝΕΤΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ

ΓΕΝΙΚΗ ΔΙΕΥΘΥΝΣΗ ΑΓΡΟΤΙΚΗΣ ΕΡΕΥΝΑΣ

ΕΛΛΗΝΙΚΟΣ ΓΕΩΡΓΙΚΟΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΣ ΔΗΜΗΤΡΑ

 

 

 

Περιγραφή Φορέα

To Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης αποτελεί το μεγαλύτερο ελληνικό πανεπιστήμιο. Το κυρίως campus βρίσκεται στο κέντρο της πόλης και εκτείνεται σε μία έκταση περίπου 430.000 m2, ενώ ορισμένες από τις εγκαταστάσεις του, είτε εκπαιδευτικές είτε διοικητικές, βρίσκονται εκτός της πανεπιστημιούπολης ή σε άλλες πόλεις. Συνολικά περιλαμβάνει 10 σχολές, που συγκροτούνται από 40 τμήματα και 1 μονοτμηματική σχολή. Λειτουργούν 61 Κλινικές (Ιατρικής, Οδοντιατρικής, Κτηνιατρικής), 295 θεσμοθετημένα Εργαστήρια και 23 Σπουδαστήρια. Η Κεντρική Βιβλιοθήκη του Α.Π.Θ., μία από τις μεγαλύτερες στα Βαλκάνια, μαζί με τις 45 περιφερειακές βιβλιοθήκες των Τμημάτων και των Σχολών (17 εκ των οποίων θεσμοθετημένες) συγκροτούν το σύστημα βιβλιοθηκών του A.Π.Θ. Στο ΑΠΘ λειτουργούν 41 προγράμματα προπτυχιακών σπουδών και 92 προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών σε μεμονωμένα τμήματα, αλλά και διατμηματικά, διαπανεπιστημιακά και διεθνή. Υπάρχουν ακόμη 23 συνεργασίες με ξένα Ιδρύματα για την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών, Ελλήνων και ξένων υποψήφιων διδακτόρων με συνεπίβλεψη. Στις Σχολές και στα Τμήματα του φοιτούν σήμερα 73.930 φοιτητές, εκ των οποίων οι 65.026 παρακολουθούν προπτυχιακά προγράμματα σπουδών και 8.472 μεταπτυχιακά προγράμματα (εκ των οποίων, οι 3.952 είναι υποψήφιοι διδάκτορες). Tο Διδακτικό και Ερευνητικό Προσωπικό (Δ.Ε.Π.) ανέρχεται σε 2.024 άτομα, το Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (Ε.Δ.Π.) σε 287 άτομα και το Ειδικό Εκπαιδευτικό Προσωπικό σε 53. Στο εκπαιδευτικό έργο συνεπικουρούν ακόμη 134 μέλη του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (E.Τ.Ε.Π.) ενώ στη διοίκηση εργάζονται 245 μόνιμοι υπάλληλοι και 294 με σχέση Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου (Ι.Δ.Α.Χ.)

 

Περιγραφή δραστηριοτήτων, ερευνητικών ενδιαφερόντων Εργαστηρίων Δενδροκομίας και Γεωργικής Μηχανολογίας, ΑΠΘ

Το εργαστήριο Δενδροκομίας έχει μακρά παράδοση ερευνητικής δραστηριοποίησης σε θέματα που σχετίζονται με τα κριτήρια ωρίμανσης για συγκομιδή (ροδάκινο, μήλο, αχλάδι, ακτινίδιο), καθώς και με την ποιότητα των παραπάνω καρπών. Επιπρόσθετα διαθέτει τεχνογνωσία και εξειδίκευση στη μοριακή ανάλυση οπωροφόρων δένδρων και καρπών με συστημικές τεχνολογίες αιχμής (γονιδιωματική, επιγονιδιωματική, μεταγραφομική, πρωτεομική, μεταβολομική). Η προαναφερθείσα ερευνητική δραστηριότητα έχει οδηγήσει σε σημαντικό αριθμό δημοσιεύσεων σε διεθνώς αναγνωρισμένα περιοδικά υψηλής απήχησης και σε σύναψη συνεργασιών με ερευνητικά ιδρύματα της Ελλάδας και του Εξωτερικού καθώς και με φορές της βιομηχανίας του αγροδιατροφικού τομέα. Επιπρόσθετα έχει υλοποιήσει και υλοποιεί από τη θέση του συντονιστή με επιτυχία ερευνητικά προγράμματα μεγάλης εμβέλειας Την τελευταία δεκαετία το Εργαστήριο Δενδροκομίας συμμετείχε από τη θέση του συντονιστή ή ως μέλος σε 25 ερευνητικά προγράμματα που χρηματοδοτήθηκαν από εθνικούς (Εθνικά Προγράμματα ΕΣΠΑ ‘Ερευνώ-Δημιουργώ-Καινοτομώ’, Εθνικό ερευνητικό δίκτυο ‘Οι Δρόμοι της Ελιάς’, κ.ά.) ή ιδιωτικούς πόρους. Το Εργαστήριο Δενδροκομίας του ΑΠΘ διαθέτει τον απαραίτητο εξοπλισμό καθώς και την απαιτούμενη μεθοδολογία για την υποστήριξη των ποιοτικών και μοριακών αναλύσεων των καρπών, όπως αναλυτικά αναφέρεται παρακάτω.

Το εργαστήριο Γεωργικής Μηχανολογίας δραστηριοποιείται στην ανάπτυξη αισθητήρων και συστημάτων αποφάσεων για τη μελέτη της κατάστασης των φυτών με αυτοματοποιημένους αλγορίθμους τεχνητής νοημοσύνης, σε εφαρμογές βιοσυστημάτων. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν τη θεωρία και τις εφαρμογές της βιο-εμπνευσμένης επεξεργασίας πληροφοριών, της νευροεπιστήμης, της αυτο-οργάνωσης και της υπολογιστικής νοημοσύνης και ειδικότερα τις εφαρμογές αυτών των τεχνικών στον ευφυή έλεγχο, την αναγνώριση προτύπων, τη σύντηξη δεδομένων, την ασφάλεια των τροφίμων και την ιχνηλασιμότητα και τη γνωσιακή ρομποτική. Η ερευνητική ομάδα του εργαστηρίου Γεωργικής Μηχανολογίας έχει έντονη συγγραφική δραστηριότητα σε επιστημονικά περιοδικά υψηλής απήχησης, ενώ έχει συμμετάσχει σε 50 ερευνητικά έργα και έχει συντονίσει 2 Ηorizon2020 (2019-2023).

 

Κύρια Ερευνητική Ομάδα

 

Δρ. Τάνου Γεωργία. Ερευνήτρια ΙΕΥΠ-ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ με αντικείμενο ‘Φυσιολογία και Θρέψη Δενδρωδών Καλλιεργειών’

Απόφοιτος και στη συνέχεια διδάκτορας της Γεωπονική Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ). Κατά τη διάρκεια των μεταπτυχιακών της σπουδών της βραβεύτηκε δύο φορές με υποτροφία αριστείας. Εκπαιδεύθηκε στην τεχνική της πρωτεομικής ανάλυσης σε οπωροφόρα δέντρα στο Εργαστήριο Mixte CNRS-Bayer Cropscience UMR 2847, Λυών (Γαλλία). Εκπροσωπεί την Ελλάδα στον INPPO (International Plant Proteomics Organization). Από το 2008 έως το 2017 συντόνισε ή εργάστηκε ως μεταδιδακτορική ερευνήτρια σε 15 ερευνητικά προγράμματα και σε 2 Ευρωπαϊκές Δράσεις. Έχει διδάξει ως ΠΔ 407 και ως Επιστημονικός και Εργαστηριακός συνεργάτης σε Πανεπιστήμια και ΑΤΕΙ διάφορα μαθήματα. Είναι συγγραφέας 39 επιστημονικών άρθρων σε περιοδικά του SCI, συγγραφέας 2 κεφαλαίων ξενόγλωσσων βιβλίων και 80 δημοσιεύσεων σε Διεθνή και Εθνικά συνέδρια σε θέματα που αφορούν τη βιολογία οπωροφόρων δέντρων και καρπών. Το δημοσιευμένο της έργο έχει λάβει 1457 αναφορές που αντιστοιχούν σε h index: 20, ενώ συγκεντρώνει IF: 148.63. Διετέλεσε κριτής 95 άρθρων σε 29 Διεθνή επιστημονικά περιοδικά, ενώ είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής (editorial board) σε 3 περιοδικά του SCI.

 

Δρ. Ιωάννης Γανόπουλος. Εντεταλμένος Ερευνητής ΙΓΒΦΠ-ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ

Κάτοχος διδακτορικού διπλώματος στην γενετική και βελτίωση των φυτών, της Γεωπονικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (Α.Π.Θ.). Ανέπτυξε τη μεθοδολογία για την ταυτοποίηση φυτικών ειδών όπως είναι σημαντικά προϊόντα ονομασίας προελεύσεως (ΠΟΠ) φάβα Σαντορίνης, Φασόλια Πρεσπών, τυρί Φέτα ελαιόλαδο κ.α., και την ιχνηλασιμότητα τους και την ανίχνευση πιθανής νοθείας σε εμπορικά προϊόντα. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα αφορούν στη Γενετική και Γονιδιωματική Τεχνολογία και των εφαρμογών τους, στη Γενετική και Μοριακή Βελτίωση, στην αποτίμησης της Βιοποικιλότητας και των Γενετικών Πόρων της Βιοτεχνολογίας και Γενετικής Μηχανικής και στην παραγωγής και τον ελέγχο τροφίμων ιδιαίτερα με την αξιοποίηση μοριακών διαγνωστικών μεθόδων. Η έρευνά του χρηματοδοτήθηκε από φορείς της χώρας μας (ΙΝ.Ε.Β./ΕΚΕΤΑ, ΑΠΘ) καθώς και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Έχει ογδόντα πέντε (85) άρθρα δημοσιευμένα σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά με κριτές (SCI). Ο συνολικός IF= 153 με h-index=19. Τα άρθρα αναφέρονται σε μελέτες σχετικές με την γενοτύπηση ποικιλιών με μοριακούς δείκτες, την αποτίμηση της γενετικής ποικιλότητας των κυριότερων καλλιεργούμενων φυτών και δένδρων του ελλαδικού χώρου με ουδέτερους και λειτουργικόυς μοριακούς δείκτες, την ανάπτυξη μεθοδολογίας για την αυθεντικοποίηση των κυριότερων Π.Ο.Π. προϊόντων όπως το κεράσι ´Τραγανά Εδέσσης´, το μοριακό χαρακτηρισμό των φυτογενετικών πόρων της Τράπεζας Γενετικού Υλικού, τη γενετική και επιγενετική ρύθμιση στα φυτά. Η πρωτοπόρος μεθοδολογία που αναπτύχθηκε από τον ίδιο για την αυθεντικοποίηση και ποσοτική ταυτοποίηση των φυτικών ποικιλιών και ειδών σε επεξεργασμένα τρόφιμα εφαρμόστηκε ακόμη σε ζωικά προϊόντα αλλά και σε βακτήρια και μύκητες. Συνεργάζεται ερευνητικά με το Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών (ΙΝ.Ε.Β.) του Ε.Κ.Ε.Τ.Α. και το ΑΠΘ. Η δουλειά του περιλαμβάνει τη χρήση μοριακών δεικτών για την αποτίμηση και την καταγραφή της γενετικής ποικιλότητας των κυριότερων καλλιεργούμενων φυτών και δένδρων που θα αποτελέσουν πολύτιμο εργαλείο για τη μοριακή βελτίωση τους, την αλληλούχηση ολόκληρου γονιδιώματος ποικιλιών κερασιάς και κολοκυθιάς, την ανάλυση του μεταγραφήματος μεγαλόκαρπων και μικρόκαρπων ποικιλιών κολοκυθιάς, τη μελέτη των επιγενετικών και μοριακών μηχανισμών που επάγονται κατά τον εμβολιασμό καθώς και την ανάπτυξη και εφαρμογή μεθόδων στοιχειοθέτησης του γονιδιώματος (genome editing).

Ηλεκτρονικό CV: https://www.researchgate.net/profile/Ioannis_Ganopoulos  

 

Δρ. Μπαζάκος Χρήστος. Μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Max-Planck-Institute for Plant Breeding Research στην Κολωνία Γερμανίας, με αντικείμενο Γενετική και Γονιδιωματική φυτών (2016 – σήμερα) και Ερευνητής στο ΙΓΒΦΠ-ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ με αντικείμενο Γενετική Βελτίωση Φυλλοβόλων Δένδρων (2018 – σήμερα, σε άδεια άνευ αποδοχών).

Το ερευνητικό του έργο αφορά την γενετική και γονιδιωματική φυτών. Στην διδακτορική του έρευνα, στο τμήμα Γενετικής και Βιοτεχνολογίας Φυτών του Μεσογειακού Αγρονομικού Ινστιτούτου Χανίων, μελέτησε τη γονιδιακή έκφραση της ελιάς σε συνθήκες αβιοτικής καταπόνησης χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες cDNA και μεθόδους αλληλούχησης μεγάλης κλίμακας. Στη μεταδιδακτορική του έρευνα στο Institute Jean-Pierre Bourgin (IJPB) του INRA στις Βερσαλλίες Γαλλίας, απο το 2012-2016, επικεντρώθηκε στην γενετική ανάλυση της φυσικής παραλλακτικότητας που σχετίζεται με μεταγραφική ρύθμιση και απόκριση της αύξησης του φυτού-προτύπου, Arabidopsis thaliana, στο περιβάλλον, συνδυάζοντας προσεγγίσεις ποσοτικής γενετικής και γονιδιωματικής φυτών με την χρήση πλατφορμών φαινοτύπησης μεγάλης κλίμακας. Η μεταδιδακτορική του έρευνα στο Max Planck Institute for Plant Breeding Research στη Κολωνία Γερμανίας, που συνεχίζει ως σήμερα, αφορά τη μελέτη της αναπτυξιακής βάσης της αγενούς αναπαραγωγής του φυτού Cardamine resedifolia με ριζικούς βλαστούς, χρησιμοποιώντας πλήθος τεχνικών μοριακής γενετικής όπως επεξεργασία γονιδιώματος (genome editing), αλληλούχηση RNA από μοναδιαίο κύτταρο (Single-Cell RNA-Seq), χαρτογράφηση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων (QTL mapping) και μελέτες γενετικής συσχέτισης σε γονιδιωματική κλίμακα (Genome-Wide-Association-Studies, GWAS). Το ερευνητικό του έργο περιλαμβάνει 14 δημοσιευμένες εργασίες στο Science Citation Index (SCI), 2 κεφάλαια βιβλίων, 11 και 18 αντίστοιχα ανακοινώσεις σε Εθνικά και Διεθνή Συνέδρια, ενώ έχει λάβει συνολικά 243 αναφορές (h index = 9).

 

Δρ. Καραγιάννης Ευάγγελος. Μεταδιδακτορικός ερευνητής του τμήματος Γεωπονίας, Εργαστήριο Δενδροκομίας ΑΠΘ.

Έχει συμμετάσχει σε 10 ερευνητικά προγράμματα σχετικά με την ποιότητα καρπών (μήλα, ροδάκινα, κεράσια, ακτινίδια κ.ά). Έχει λάβει υποτροφία άριστης επίδοσης από το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ), καθώς και “Ανταποδοτική Υποτροφία” από το ΑΠΘ. Διακρίθηκε από το ΙΚΥ ως υπότροφος για μεταπτυχιακές σπουδές, ενώ έλαβε και υποτροφία από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ) για εκπόνηση διδακτορικής διατριβής. Ως μεταδιδάκτορας εργάζεται σε πρόγραμμα ΕΛΙΔΕΚ για την Ενίσχυση Μεταδιδακτόρων. Έχει λάβει 2 υποτροφίες από της European COST Action FA1104 για μετεκπαίδευση στο Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου και στο Πανεπιστήμιο της Evora (Πορτογαλία), ενώ εκπαιδεύτηκε για 3 μήνες στη Γαλλία (INRA Angers-Nantes) στην τεχνική RNA‐Seq ανάλυσης καρπών. Έχει δημοσιεύσει 9 εργασίες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά (συνολικός δείκτης απήχησης 29,9), 3 εργασίες σε περιοδικά, ενώ έχει 9 και 20 δημοσιεύσεις σε διεθνή και εθνικά συνέδρια, αντίστοιχα.

 

Μιχαηλίδης Μιχαήλ. Μεταδιδακτορικός ερευνητής του τμήματος Γεωπονίας, Εργαστήριο Δενδροκομίας ΑΠΘ.

Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζονται στη φυσιολογία ανάπτυξης, στη μετασυλλεκτική φυσιολογία και στη συστημική βιολογία των οπωροφόρων δέντρων και των καρπών τους. Είναι κάτοχος 2 πτυχίων της Σχολής Γεωπονίας και της Σχολής  Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος και κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών Γεωπονίας στην Ειδίκευση της Επιστήμης των Οπωροκηπευτικών. Έχει συμμετάσχει σε 11 ερευνητικά προγράμματα σχετικά με τη φυσιολογία των οπωροφόρων και την ποιότητα των καρπών (μήλα, ροδάκινα, κεράσια, ακτινίδια κ.ά). Έλαβε υποτροφία από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ) για εκπόνηση της διδακτορικής του διατριβής που αφορά στην επίδραση των καλλιεργητικών στα ποιοτικά χαρακτηριστικά καρπών κερασιάς. Έχει δημοσιεύσει 8 εργασίες σε επιστημονικά περιοδικά με κριτές και 17 δημοσιεύσεις σε διεθνή και εθνικά συνέδρια.

 

 

 

Διαθέσιμος εξοπλισμός/υποδομές Εργαστηρίου Δενδροκομίας και Γεωργικής Μηχανολογίας του ΑΠΘ που θα χρησιμοποιηθούν στο Έργο.

Τα εργαστήρια Δενδροκομίας και Γεωργικής Μηχανολογίας είναι πλήρως εξοπλισμένα με σύγχρονο εξοπλισμό διαθέσιμο για την υλοποίηση του προτεινομένου έργου.

Υποδομή Φυσιολογικών Αναλύσεων:  αέριο χρωματογράφο (GC), αναλυτή υφής, πιεσόμετρα (ηλεκτρονικά, τύπου Chatillon/Effegi) χρωματόμετρο Konika–Minolta, σακχαροδιαθλασίμετρα, φασματοφωτόμετρο, φασματοφωτόμετρο μικροπλακών (Elisa reader)

Υποδομή γονιδιωματικής ανάλυσης: Real time PCR με δυνατότητα High Resolution Melting ανάλυση, PCR Θερμοκυκλοποιητή, συσκευή ηλεκτροφόρησης DNA, σύστημα αποτύπωσης πηκτών

Υποδομή μεταβολομικής ανάλυσης: αέριο χρωματογράφο-φασματογράφο μάζας (GC-MS), υγρή χρωματογραφία υψηλής πίεσης (HPLC)

Υποδομή πρωτεομικής ανάλυσης: συσκευή ηλεκτροφόρησης πρωτεϊνών, συσκευές ηλεκτροφόρησης δεύτερης διάστασης (2D-PAGE), σύστημα ανάλυση του ‘αποτυπώματος’ του πηκτώματος (Western Blotting), σύστημα σάρωσης και αποτύπωσης 2D-πηκτών, λογισμικό επεξεργασίας για 2D-PAGE.

Βασική Υποδομή: Επιτραπέζιες ψυχόμενες φυγόκεντροι, βαθιά κατάψυξη (-80°C), λοιποί καταψύκτες, Thermoblock, συσκευή παραγωγής πάγου, σύστημα παραγωγής υπερ-κάθαρου νερού, τράπεζα νηματικής ροής, τράπεζα φθορισμού (UV), υδατόλουτρο, διάφορα περιφερειακά (πολυπιπέτες, αυτόματες πιπέτες, πεχάμετρα, ζυγοί ακριβείας, αναδευτήρας φιαλών/μικροσωλήνων κτλ).

Υποδομή εγκατάστασης πειραμάτων και διαχείρισης φυτών και καρπών: θερμοκήπια, θάλαμος ανάπτυξης φυτών, ψυκτικοί θάλαμοι συντήρησης φρούτων, ψυχόμενος εργαστηριακός θάλαμος.

Υποδομή επεξεργασίας δεδομένων: δύο μονάδες Βαθείας Εκμάθησης (Deep Learning) για την επεξεργασία μεγάλου όγκου δεδομένων, με κάρτες γραφικών 2x11Gb και 3584 πυρήνες CUDA

Υποδομή αυτόνομων οχημάτων: Husky robot Clearpath 75 kg payload καιThorvald robot

Υποδομή προσδιορισμού θέσης: RTK GPS Clearpath, Laser scanner (Hokuyo)

Υποδομή αισθητήτων παρακολούθησης καλλιεργειών: Cubert FireflEYE LS Hyperspectral (HS) κάμερα 450g για εναέρια παρακολούθηση καλλιεργειών (φασματικό εύρος: 475 nm – 925 nm, φασματικά κανάλια: 125 εύρους 5-10nm, και ανάλυσης 2 megapixel),  φασματογράφος VIS/NIR  της εταιρείας Specim V10

Υποδομή Συστημάτων Μη Επανδρωμένων Αεροσκαφών:  δελταπτέρυγο ρομποτικό eBee με πολυφασματική, θερμική στο εγγύς υπέρυθρο και RGB κάμερα, και εξακόπτερο Taranis